کیست موکوسی معمولا نیازی به درمان ندارد. این کیست معمولا خطرناک نبوده و بدتر نمیشود. البته بندرت ممکن است پاره شود. در این موارد پوست پاره شده و مایع کیست به بیرون میریزد و فضای مفصلی به بیرون راه پیدا میکند.
این وضعیت خطر عفونت مفصل را به دنبال دارد. در این موارد پماد آنتی بیوتیک موضعی به محل زخم ایجتد شده مالیده و زخم پانسمان میشود. به بیمار آنتی بیوتیک خوراکی هم داده میشود.
در مواردی که کیست پاره نشده ولی دردناک است و یا پزشک متوجه میشود که پارگی آن نزدیک است ممکن است تصمیم به جراحی کیست بگیرد. در حین جراحی کیست خارج شده و استخوان های اضافه ایکه در پشت سطح مفصلی ایجاد شده خارج میگردد
.